Eesti Mikrobioloogide Ühendus on 1992 aastast üleriigiline avalikes huvides tegutsev mittetulundusühing, mille eesmärgiks on mikrobioloogia-alase uurimisega tegelevate inimeste ühendamine. Eesti Mikrobioloogide Ühendus on FEMSi (Federation of European Microbiological Societies ) ja IUMSi (International Union of Microbiological Societies) liige.